شرح اهداف مرکز بصورت زیر می‌باشد:

۱- انجام پژوهش‌های بنیادی کاربردی و توسعه‌ای مرتبط با علوم و فن‌آوری زیست محیطی با توجه به اولویت‌های پژوهشی شورای عالی عتف (کمیسیون تخصصی کشاورزی، آب و منابع طبیعی، کمیسیون تخصصی انرژی، کمیسیون تخصصی صنایع، معادن و فناوری اطلاعات و ارتباطات و کمیسیون تخصصی سلامت، امنیت غذایی و رفاه اجتماعی)، و موارد مندرج در برنامه پنج ساله ششم توسعه

۲- مشارکت در تعیین و تدوین اولویت‌های پژوهشی در زمینه محیط زیست در سازمان‌های دولتی و خصوصی مختلف با توجه به اسناد بالا دستی

۳- تحقیق در جهت ارتقای کیفی و بهره‌وری مناسب از واحدهای صنعتی، معدنی، کشاورزی، بهداشتی و کلیه فعالیت‌های انسانی در خصوص بهداشت محیط، استفاده بهینه از انرژی، کاهش ضایعات زیست محیطی، برنامه‌ریزی محیط، حفظ منابع طبیعی و تنوع زیستی در راستای توسعه پایدار

۴- ایجاد و راه‌اندازی دوره‌های آموزش عالی در مقاطع کارشناسی ارشد و دکتری در راستای اهداف و زمینه‌های فعالیت مرکز بر اساس ضوابط و مقررات‌آموزش عالی و شورای گسترش دانشگاه‌ها و مراکز آموزش عالی و پژوهشی کشور

۵- ارائه خدمات مشاوره علمی، فنی و مدیریتی در زمینه بهداشت محیط، محیط زیست و علوم مرتبط به موسسات دولتی و غیر دولتی بویژه صنایع در راستای حل معضلات بهداشتی و زیست محیطی آنها از طریق تاسیس شرکت‌های دانش‌بنیان

۶- راه‌ اندازی آزمایشگاه‌های معتمد محیط زیست در مرکز و ارایه خدمات در راستای طرح برون سپاری سازمان حفاظت محیط زیست و خود اظهاری صنایع و …

۷- تعامل فعال و سازنده با سایر موسسات و نهادهای علمی و پژوهشی در داخل و خارج کشور در چارچوب مقررات و ضوابط

۸- برنامه‌ریزی و برگزاری کارگاه‌ها، سمینارها و همایش‌های علمی و تخصصی در زمینه‌های مرتبط در سطوح ملی، منطقه ای و بین‌المللی برابر ضوابط و مقررات جاری کشور

۹- جلب توجه و همکاری فرهیختگان و صاحب‌نظران داخل و خارج از کشور در زمینه‌های مختلف زیست محیطی، انرژی و بهداشت به منظور توسعه و تعمیق ارتباطات علمی برابر قوانین، ضوابط و مقررات جاری کشور

۱۰- همکاری با انجمن‌های علمی – پژوهشی و سازمان‌های مردم نهاد (سمن) در زمینه‌های مرتبط با فعالیت مرکز